臺北捷運公司自2月1日起展開所有車站的清潔和消毒，另於2月5日連夜進行全路線列車清消，全面提升捷運系統防疫與環境維護層級。
臺北捷運將持續加強「不讓鼠來、不讓鼠住、不讓鼠吃」，依排程清潔車站與列車、每日清運垃圾，並委請專業廠商每月布設捕滅設備與執行環境消毒；站務人員亦定期檢視牆面孔洞，阻絕外部鼠源。
針對站內販賣店，維持營業範圍整潔、每日清運廢棄物，食品必須妥善密封保存，開放式櫃位閉店後亦須全面清空食品。
因應漢他病毒防疫需求，2月1日起陸續完成大安區相關車站環境消毒，包含大安站、大安森林公園站、信義安和站、科技大樓站、六張犁站、公館站、古亭站、忠孝新生站、忠孝復興站、忠孝敦化站及國父紀念館站。
